De overheid moet strengere voorwaarden stellen aan belastingvoordelen voor r&d-activiteiten van bedrijven, zoals de WBSO en de innovatiebox. In het rapport Kansrijk Innovatiebeleid stelt het CPB dat alleen innovaties die voor Nederland of mondiaal nieuw zijn overheidssteun zouden moeten genieten. In de huidige praktijk is het voldoende als de materie nieuw is voor het betreffende bedrijf. Daarmee wijkt Nederland af van de internationale norm en bereikt het niet waar de maatregelen voor bedoeld zijn: innovaties versnellen.

Het CPB heeft ook kritiek op het topsectorenbeleid. Door op een beperkt aantal sectoren te focusseren, loopt Nederland het risico belangrijke ontwikkelingen daarbuiten te missen. Het oppakken van maatschappelijke vraagstukken kan een argument voor topsectoren zijn, maar daar zijn waarschijnlijk betere alternatieven voor te vinden. Ook vindt het CPB dat het topsectorenbeleid complex is en weinig transparant tot stand komt.